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Niveaux 1,2,3 et 4 : le monde Inca
Lara s'enfonce de plus en plus profondément, traversant l'ancienne citée de Vilcabamba, une vallée perdue, et arrive dans le tombeau de Qualopec où elle trouve l'objet recherché par Natla. Mais alors qu'elle ressort du tombeau, Larson surgit et essaie de la tuer. Lara arrive à le désarmer et le questionne. Il révèle que l'objet est une partie du Scion, et que Pierre DuPont, engagé lui aussi par Natla, est à la recherche des autres parties. Mais il n'en sait pas plus. Il tente alors de se jeter sur Lara, mais celle-ci l'esquive et l'assomme.
Entre les niveaux 4 et 5 (vidéo)
De nuit, Lara s'introduit dans le bureau de Jacqueline Natla au siège de la société. Elle fouille tous les tiroirs et trouve un vieux grimoire écrit par un moine quelques siècles auparavant. Dans ce livre il raconte qu'une rumeur veut que sous le Monastère St Francis soit enfoui le tombeau de Tihocan, un des trois souverains de l'Atlantide. Une des trois parties du Scion s'y trouverait, le Scion étant un objet aux pouvoirs immenses... Lara se rend au monastère St Francis. Là-bas, les traces de Pierre DuPont sont encore fraîches.
Niveaux 5,6,7,8 et 9 : le monde gréco-romain
Du monastère, Lara trouve l'entrée du labyrinthe qui mène au tombeau de Tihocan. Le parcours est long et difficile. Lara croise plusieurs fois Pierre DuPont qui essaie de la tuer. Mais elle le fait fuir. Finalement, elle atteint le tombeau. Mais une créature surnaturelle, une sorte de centaure, en défend l'entrée et Lara s'en débarrasse avec difficulté. A l'intérieur, elle affronte Pierre et lui règle son compte. Elle lui prend alors le deuxième morceau du Scion. Sur le mur, elle déchiffre un hiéroglyphe : ci-gît Tihocan, un des deux souverains justes de l'Atlantide, qui continua de régner même après le grand cataclysme, mais n'eut pas d'héritier.
Entre les niveaux 9 et 10 (vidéo)
Lara assemble les deux parties du Scion : une étrange vision lui apparaît. Une grande pyramide, trois personnages dont un est attaché, un collier avec un morceau de Scion est arraché et lancé au loin, une comète grossit de plus en plus, le morceau de Scion franchit une porte et s'enfonce dans les profondeurs de la Terre. La vision s'arrête. Ayant reconnu l'endroit où est caché le troisième morceau, Lara s'y rend avec sa moto.
Niveaux 10,11 et 12 : le monde égyptien
Une nouvelle fois, Lara s'enfonce dans les profondeurs, résolvant les énigmes du labyrinthe, jusqu'au sanctuaire du Scion. Mais Larson l'a précédé et cherche à se venger. Lara s'en débarrasse. Elle s'empare alors du troisième morceau.
Entre les niveaux 12 et 13 (vidéo)
Lara sort du labyrinthe. Le soleil l'aveugle. Mais Natla et ses hommes de main l'attendaient. Ils lui prennent ses armes et le Scion. Natla donne alors l'ordre de la tuer, mais Lara s'enfuit et plonge dans la rivière avant qu'ils aient pu réagir. Ils partent alors. Lara se lance à leur poursuite avec sa moto. Elle arrive juste au moment où le yacht dans lequel ils viennent d'embarquer part. Elle réussit, d'une cascade magnifique, à s'introduire à bord. Le bateau finit par s'arrêter à côté d'une île. Lara plonge...
Niveaux 13, 14 et 15 : le monde de l'Atlantide
Lara parcourt des tunnels, récupère ses armes et tue les hommes de main de Natla. Pendant ce temps, celle-ci met le Scion au coeur d'un mécanisme. La montagne de l'île s'écroule, révélant la pyramide de l'Atlantide. Lara pénètre dedans et atteint le mécanisme. Elle essaie de se saisir du Scion. Une nouvelle vision lui apparaît : Natla souveraine d'Atlantide est jugée par Tihocan et Qualopec pour avoir essayé de se servir du grand pouvoir de création de la pyramide à des fins mauvaises. Elle voulait créer des monstres surpuissants pour conquérir le monde. Ils l'enferment pour l'éternité dans une étrange prison, celle qui sera détruite par l'explosion nucléaire.
Alors que Lara reprend ses esprits, Natla arrive. Elle explique qu'elle a relancé le mécanisme de création et que rien maintenant ne pourra l'empêcher d'atteindre son but. Lara tente de détruire le Scion. Natla se jette sur elle et les précipite toutes les deux dans le vide. Heureusement Lara arrive à atteindre une plate-forme alors que Natla poursuit sa chute.
Lara tue alors la création de Natla et détruit le Scion. Elle sort rapidement de la pyramide qui commence à s'effondrer.
Scène finale (vidéo)
Lara court alors que la pyramide explose. Elle atteint le yacht et s'enfuit à vive allure : toute l'île explose alors. Le yacht emmène paisiblement Lara loin de tout ça.
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